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甘南藏族自治州藏醫(yī)醫(yī)院（甘肅省藏醫(yī)藥研究院、甘南藏族自治州藏醫(yī)藥研究院）前身是甘南藏族自治州藏醫(yī)藥研究所，成立于1980年4月，省編制委員會(huì)下達(dá)藏人員編制40名，并將州人民醫(yī)院舊址移交新成立的藏醫(yī)藥研究所使用。1980年首批調(diào)進(jìn)職工11人，其中業(yè)務(wù)人員有達(dá)永巴、圖布旦、王鐘元、三智布、加吾、老齋、金巴等。
1984年經(jīng)州委州政府批準(zhǔn)，藏醫(yī)藥研究所內(nèi)設(shè)立了六個(gè)科室，即行政辦公室、藏醫(yī)基礎(chǔ)理論研究室(包括天文歷算室及圖書資料室)、臨床研究室、藥物研究室、附屬醫(yī)院、附屬制藥廠(1989年更名為附屬試驗(yàn)藥廠)。
1984年，研究所附屬藏醫(yī)院成立，附屬藏醫(yī)院下設(shè)住院部、門診部、中心藥房、醫(yī)辦室、護(hù)辦室、治療室、X光室、胃鏡室、B超室、心電圖室、化驗(yàn)室等業(yè)務(wù)科室。附屬藏醫(yī)院成立后，由于條件的限制，住院部未及時(shí)開展業(yè)務(wù)，直至1988年設(shè)20張病床，同年10月10日開始接收住院病人，1990年病床數(shù)逐步増加到27張。
1986年，由省上拔款15萬元設(shè)備購(gòu)置費(fèi):1986年，又投資15.8萬元，修建了附屬試驗(yàn)藥廠樓，建筑面積為582平方米。截止1990年底，藏醫(yī)藥研究所總建筑面積(包括附屬醫(yī)院舊樓)已達(dá)3，765平方米，固定資產(chǎn)達(dá)100多萬元，醫(yī)療設(shè)備資產(chǎn)9萬元，藏藥庫(kù)存及周轉(zhuǎn)資金達(dá)55萬元。
1981年5月開設(shè)簡(jiǎn)易藏醫(yī)門診部時(shí)，曾設(shè)有一所簡(jiǎn)陋的制藥作坊，用手工生產(chǎn)幾十種藏成藥，以供門診的急需，1984年，建立研究所附屬制藥廠，此后，藥品生產(chǎn)發(fā)展較快，人員設(shè)備逐年增加，藏成藥品從原來的七、八十種增加到180種，數(shù)量亦大大增加、所作的主要工作如下:一1.1988年，開工修建了面積為582平方米的藥廠制藥樓，1989年12月竣工驗(yàn)收，并交付使用。1989年更名為附屬實(shí)驗(yàn)藥廠后，該廠進(jìn)行全面調(diào)整，設(shè)立了藥廠辦公室(包括財(cái)會(huì)、出納室)、配劑室、炮制室、粉碎車間、制丸車間、包裝車間等六個(gè)車間及科室，建立健全了各項(xiàng)規(guī)章制度。到1990年共有各類工作人員13人，其中專業(yè)技術(shù)人員3名，財(cái)會(huì)人員1名，合同制工人3名，臨時(shí)工(長(zhǎng)年雇用)6人。制藥設(shè)備有:中型粉碎機(jī)1臺(tái)，小型粉碎機(jī)1臺(tái)，糖衣機(jī)2臺(tái)，制丸機(jī)1臺(tái)，電冰箱3合。
1983年，省上先后拔款70余萬元，修建了具有民族形式的雙面科研辦公大樓。建筑面積2，018平方米，1984年峻工。
1990年底職工總數(shù)已達(dá)56名，其中藏族職工45名，占全所職工的80％。各類專業(yè)技術(shù)人員36人，占64.2％，副高職稱2人、中級(jí)職稱4人、初級(jí)職稱30人、藏醫(yī)藥專灶技術(shù)人員24人，占全所專業(yè)技術(shù)人員的66.7%。
2001年經(jīng)省機(jī)構(gòu)編制委員會(huì)辦公室批復(fù)升格為甘肅省藏醫(yī)藥研究院并加掛甘肅省藏醫(yī)藥研究院的牌子，內(nèi)設(shè)的藏醫(yī)藥臨床研究室等三個(gè)研究室同時(shí)更名為研究所。
2001年經(jīng)甘南州人民政府批準(zhǔn)，在院內(nèi)設(shè)立了甘南州藏醫(yī)藥開發(fā)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。
2001年附屬試驗(yàn)藥廠第一次順利通過了《醫(yī)療機(jī)構(gòu)制劑許可證》-《GPP》的現(xiàn)場(chǎng)達(dá)標(biāo)驗(yàn)收及換證工作，成為全省唯一通過GPP現(xiàn)場(chǎng)達(dá)標(biāo)驗(yàn)收的民族醫(yī)療機(jī)構(gòu)單位。2005年第二次順利通過了《醫(yī)療機(jī)構(gòu)制劑許可證》-《GPP》的現(xiàn)場(chǎng)達(dá)標(biāo)驗(yàn)收及換證工作。2012年12月份第三次順利通過了《醫(yī)療機(jī)構(gòu)制劑許可證》-《GPP》的現(xiàn)場(chǎng)達(dá)標(biāo)驗(yàn)收及換證工作
2003年借蘭州市對(duì)口幫扶甘南州這一契機(jī)，我院爭(zhēng)取立項(xiàng)總投資550萬元，總建筑面積5780平方米的附屬藏醫(yī)院業(yè)務(wù)綜合大樓及藏藥浴中心樓。于2005年5月14日投入使用。
2003年創(chuàng)建了藏藥浴中心，是集臨床治療、藥浴科研、休閑康體為一體的綜合性藏醫(yī)藥特色診療中心，設(shè)計(jì)床位40張。該中心以藏醫(yī)藥傳統(tǒng)理論為指導(dǎo)，引進(jìn)現(xiàn)代先進(jìn)醫(yī)療保健技術(shù)和設(shè)備，以藏藥水浴、汽浴、縛浴為主要治療手段，努力發(fā)掘和提高藏醫(yī)傳統(tǒng)特色外治療法———放血、火灸、罨敷、藥物外涂、藏式按摩、針刺等，結(jié)合藏藥口服，以“內(nèi)外結(jié)合，綜合治療”的模式，充分發(fā)揮藏醫(yī)外治療法的獨(dú)特優(yōu)勢(shì)，現(xiàn)已成為我院運(yùn)用純藏醫(yī)藥治療的特色療法基地。該中心有完備的藏藥水、汽浴治療設(shè)施，古樸、典雅、自然醇香的香柏木浴盆，適宜人體健康的木制特色土炕等，已接診來自國(guó)內(nèi)外患者3000多名，其中俄羅斯等國(guó)患者20余位。
2004年我院專文上報(bào)省衛(wèi)生廳、州衛(wèi)生局《關(guān)于甘肅省藏醫(yī)藥研究院（甘南州藏醫(yī)藥研究院）增加病床床位數(shù)的報(bào)告》，經(jīng)省衛(wèi)生廳研究，甘衛(wèi)中發(fā)（2004）348號(hào)《關(guān)于甘肅省藏醫(yī)藥研究院（甘南州藏醫(yī)藥研究院）增加病床床位數(shù)的批復(fù)》，同意甘肅省藏醫(yī)藥研究院（甘南州藏醫(yī)藥研究院）增加病床80張，其中藏藥浴中心40張，肝病、心腦血管病專科床位40張，總床位數(shù)為120張。
2006年底職工總編制數(shù)達(dá)到119名，現(xiàn)有職工111名，各類專業(yè)技術(shù)人員98名，副高以上職稱12名，中級(jí)職稱31名，初級(jí)職稱58名，行政后勤人員13名。專業(yè)技術(shù)人員總數(shù)己達(dá)職工總數(shù)的85％，其中高級(jí)職稱占10％以上，中級(jí)職稱占48％，當(dāng)代著名藏醫(yī)藥學(xué)家、中國(guó)民族醫(yī)藥學(xué)會(huì)副會(huì)長(zhǎng)、國(guó)務(wù)院特殊津貼享受專家、全國(guó)人大代表、四川省阿壩州藏醫(yī)院院長(zhǎng)、主任醫(yī)師旦科教授擔(dān)任名譽(yù)院長(zhǎng)并常年指導(dǎo)工作，甘肅省“555”、“333”創(chuàng)新人才各1人、享受國(guó)務(wù)院特殊津貼2人。
2008年胃病專科被國(guó)家中醫(yī)藥管理局確定為 “十一·五”重點(diǎn)專科建設(shè)單位、國(guó)家中醫(yī)藥管理局脾胃病專科協(xié)作組成員單位，并于2011年順利通過國(guó)家中醫(yī)藥管理局復(fù)審。
2009年根據(jù)州災(zāi)后重建辦《關(guān)于全州地震災(zāi)后中央重建基金項(xiàng)目前期工作時(shí)限制的通知》州重建辦（2009）13號(hào)文件，我院暨甘南州藏醫(yī)藥研究院制劑樓建設(shè)項(xiàng)目列入“甘南州地震災(zāi)后中央重建基金項(xiàng)目”，總造價(jià)358萬元，3層局部4層，建筑面積2228平方米，2001年4月投入使用。
2012年經(jīng)甘肅省編辦批復(fù)，在甘南州藏醫(yī)藥研究院附屬藏醫(yī)院的基礎(chǔ)上升格、組建為甘南藏族自治州藏醫(yī)醫(yī)院，加掛（甘肅省藏醫(yī)藥研究院、甘南藏族自治州藏醫(yī)藥研究院）牌子。醫(yī)院設(shè)有門診部、藏醫(yī)內(nèi)科、藏醫(yī)外科、藏藥浴中心、藏醫(yī)特色外治中心等8個(gè)臨床科室和1個(gè)藏藥制劑中心，研究院下設(shè)有基礎(chǔ)理論研究所、臨床研究所、藥物研究所、天文歷算研究所，以及行政辦、醫(yī)務(wù)科、護(hù)理部等7個(gè)行政后勤科室。醫(yī)院編制病床150張，人員編制133名。
2012年風(fēng)濕病專科被國(guó)家中醫(yī)藥管理局確定為“十二·五”重點(diǎn)專科建設(shè)項(xiàng)目。
2012年承辦了在甘肅合作舉辦的“2012全國(guó)藏醫(yī)藥學(xué)術(shù)交流與技術(shù)培訓(xùn)交流會(huì)”來自全國(guó)五省藏區(qū)及北京、內(nèi)蒙的藏醫(yī)藥專家、學(xué)者共160余人參加了大會(huì)，會(huì)議共收到論文234篇，國(guó)家省州各級(jí)領(lǐng)導(dǎo)蒞臨大會(huì)并就甘南藏醫(yī)藥發(fā)展現(xiàn)狀、制約瓶頸及未來發(fā)展等作了熱情洋溢的講話，并提出了指導(dǎo)性意見和具體要求。這是我州藏醫(yī)藥的一次盛會(huì)，也是甘南藏醫(yī)藥展示對(duì)外形象的重要平臺(tái)。在各級(jí)領(lǐng)導(dǎo)的大力支持下，大會(huì)取得了圓滿成功，得到了社會(huì)各界的高度評(píng)價(jià)。大會(huì)編輯出版學(xué)術(shù)論文集，并由民族出版社正式出版發(fā)行。
2013年通過二級(jí)甲等民族醫(yī)醫(yī)院評(píng)審。
2013年藏醫(yī)特色外治專科列入甘肅省中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)專科建設(shè)項(xiàng)目，該專科致力于發(fā)掘、繼承、提高藏醫(yī)傳統(tǒng)特色外治療法。開展藏醫(yī)放血、火灸、敷療、藥浴、涂擦推拿、針灸等特色療法，同時(shí)，結(jié)合電磁波、紅外線、電泳、牽引等現(xiàn)代理療，對(duì)高血壓、肺心病、高血脂癥、腦中風(fēng)、骨質(zhì)增生、各類關(guān)節(jié)炎、痔瘡、婦科病等均有獨(dú)到的治療作用。外治科因藏醫(yī)特色鮮明、療效獨(dú)到、順應(yīng)自然療法而受到廣大患者的青睞。
2014年底開工新建科研、門診醫(yī)技大樓，藏區(qū)專項(xiàng)中央預(yù)算內(nèi)投資，總投資2055.12萬元，新建主體為7層（局部8層），總建筑面積為8872.06平方米，該項(xiàng)目于2016年8月竣工投入運(yùn)行。
2015年5月腦病專科被甘肅省中醫(yī)藥管理局確定為甘肅省重點(diǎn)專科建設(shè)項(xiàng)目。該專科過內(nèi)服藏藥結(jié)合外用金銀針、火灸、放血等療法，對(duì)高血壓、腦血栓、腦溢血、腦萎縮、腦震蕩、老年癡呆癥、腦手術(shù)后遺癥、癲癇等病癥，具有顯著的療效。
2017年7月建成甘南州藏醫(yī)藥文化展示館，總占地1300多平方米，整體結(jié)構(gòu)共分四層，由藏醫(yī)藥文化體驗(yàn)館、藏醫(yī)藥文化綜合展示館、藏藥材展示館、藏醫(yī)藥產(chǎn)品展示館組成，陳列有《四部醫(yī)典》醫(yī)學(xué)唐卡、藏醫(yī)外治療法器械、藏藥材、藏醫(yī)藥發(fā)展簡(jiǎn)史等內(nèi)容，為民眾了解藏醫(yī)藥學(xué)提供了重要平臺(tái)。
2018年制劑中心購(gòu)置設(shè)備17臺(tái)：自動(dòng)理瓶機(jī)1臺(tái)、電子數(shù)粒機(jī)1臺(tái)、旋蓋機(jī)1臺(tái)、電磁鋁箔封口機(jī)1臺(tái)、不干膠圓瓶標(biāo)機(jī)1臺(tái)、噴碼機(jī)1臺(tái)、全自動(dòng)膠囊充填機(jī)1臺(tái)、三維運(yùn)動(dòng)混機(jī)1臺(tái)、油墨噴碼機(jī)1臺(tái)、變頻螺杄空氣壓縮機(jī)1臺(tái)、高效篩分機(jī)1臺(tái)、立式攪拌夾層鍋2臺(tái)、不銹鋼茡薺式包衣機(jī)1臺(tái)、藥丸篩分機(jī)1臺(tái)、全自動(dòng)熱收縮包裝機(jī)1臺(tái)，后因工藝需要增加了冷凍干燥機(jī)1臺(tái)，儲(chǔ)氣罐1臺(tái)。
2020年——2021年分別對(duì)住院部及藥浴中心基礎(chǔ)設(shè)施進(jìn)行改造提升，目前已全部投入使用。
全院編制133人，在職127人，各類專技人員115人，其中衛(wèi)生專業(yè)技術(shù)人員111人（包括藏醫(yī)藥專業(yè)75人，占衛(wèi)生專業(yè)總?cè)藬?shù)的67.5%），護(hù)理人員20人。中級(jí)職稱33人，副高以上職稱42人，其中正高職稱10名，甘肅名中醫(yī)2名。藏醫(yī)藥碩士3名，引進(jìn)藏醫(yī)藥學(xué)博士2名。全國(guó)名老藏醫(yī)藥傳承工作室2個(gè)。
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